Il teatro non è stato immediatamente intitolato a Francesco Morlacchi. Il nome gli venne affidato infatti solo dopo il grande restauro che l’ha visto come protagonista nel 1874, ad opera di Guglielmo Calderini. Pochi decenni prima era infatti morto il musicista perugino, di fama internazionale. Nato nel 1784, Francesco Morlacchi dimostrò subito grandi doti da compositore che lo portarono ad approfondire gli studi a Napoli nei primi anni dell’1800. Una serie di successi, acquisiti nel centro Italia, lo portarono a vincere il posto di maestro di cappella ad Urbino, fino ad accrescere la sua fama anche a livello internazionale e ad essere nominato maestro di cappella dell’Opera italiana a Dresda, in un periodo di cultura politica conflittuale, quando la Deutsche Opera si stava affermando e una sua diffusione rappresentava anche una tematica di interesse politico. Proprio per questo Morlacchi fu spesso contestato dalla critica, che lo vedeva come simbolo di uno spirito compositivo antico, non progressivo come il cambiamento che l’epoca richiedeva. Morì ad Innsbruck nel 1841, proprio durante un viaggio verso Perugia per motivi di salute. Venne sostituito nel suo ruolo di Kapellmeister da Richard Wagner.
Fu proprio la sua consolidata fama e il prestigio acquisiti nel tempo che spinsero l’Accademia perugina ad intitolare l’appena rinnovato teatro con il suo nome.
Il Teatro Morlacchi però venne costruito circa un secolo prima, inaugurato esattamente il 15 agosto del 1871 con il nome di teatro Civico del Verzaro e una capienza di 1200 persone. Fu commissionato dalla borghesia cittadina, quasi ad affermare la sua forza in risposta alla costruzione del Teatro del Pavone da parte della nobiltà perugina. Lo costruì l’architetto perugino Alessio Lorenzini, che dovette dare prova del suo ingegno per adattare la struttura al piccolo spazio a disposizione, dove prima sorgeva un vecchio convento.
L’attività del teatro fu sin da subito frenetica e laboriosa, ospitando attori molto importanti, come Irma Gramatica e Oreste Calabresi. L’avvento del fascismo e la conseguente massiccia censura culturale fecero cadere il teatro in una sorta di apatia produttiva, stato che raggiunse il suo massimo nei primi anni dell’occupazione tedesca, dove lo stabile veniva utilizzato esclusivamente per intrattenere le truppe del Reich con spettacolini di basso livello. Quando l’Accademia ne riprese possesso, nel 1942, dovette fare i conti degli ingenti danni provocati alla struttura, decidendo quindi di cedere il teatro all’amministrazione comunale che nei primi anni del 1950 finanziò un completo restauro, fino ad ottenere l’edificio che ad oggi è visitabile.