La piccola chiesa di San Giovanni dell’Acqua venne edificata alla metà del XIV secolo e pare che debba il proprio appellativo alla vicinanza col fiume Topino, secondo la testimonianza dello storico folignate Ludovico Iacobilli. La struttura originaria era articolata in due navate poi adibite a funzioni differenti: una continuò ad essere utilizzata come luogo di culto, la seconda come sagrestia, conservando le originarie strutture gotiche.
All’interno si trovano opere degne di nota quali un San Giovanni evangelista, realizzato da Carlo Botti nel 1884 e una statua lignea di S. Apollonia, attribuita ad Antonio Calcioni.
All’esterno della Chiesa di San Giovanni dell’Acqua, sulla parete che si affaccia in via delle Ceneri, si conserva ancora un’edicola con affresco di autore ignoto databile al XV secolo.