La chiesa, esistente a Foligno fin dal XIII secolo, era inizialmente dedicata a San Matteo e solo a partire dal 1256 venne votata a San Francesco d’Assisi che, secondo la tradizione, era solito frequentarla.
A partire dal 1796 la struttura antica venne completamente modificata secondo un progetto dell’architetto Andrea Vici. I lavori, che durarono parecchi anni, vennero seguiti da Giovanni Bettini e Vincenzo Vitali. Nel 1856 l’edificio venne riaperto al pubblico ma era ancora privo della facciata, la quale fu realizzata dall’ingegner Giovanni Bertucci soltanto nel 1886.
I tre portali d’ingresso architravati e definiti da cornici semplici sono accompagnati da una decorazione a stucco di cinque lesene con capitelli.
L’interno della Chiesa di San Francesco di Foligno è decorato in stile neoclassico, composto da un’unica navata ai lati della quale si aprono quattro cappelle absidate.
Il catino absidale è decorato da affreschi databili al XVIII secolo, mentre la sagrestia e la cappella di S. Matteo conservano la frammentaria decorazione ad affresco di epoca trecentesca.