En pleno casco antiguo de Todi, junto al Palacio del Pueblo, se encuentra el Palacio del Capitán, también conocido como «Palacio Nuevo«. A diferencia del primero, más antiguo, este fue construido a finales del siglo XIII, hacia 1293, junto con el Palacio de los Priores.
Estructuralmente, el edificio, de estilo gótico, está dividido en tres niveles: una logia en la planta baja, ventanas de tres y cuatro luces sostenidas por columnas y enmarcadas por arcos y hastiales en las dos plantas superiores. La peculiaridad arquitectónica que lo caracteriza, es la monumental escalera transversal que domina la Plaza del Pueblo y que permite la entrada a ambos palacios.
Hoy en día es la sede de las oficinas municipales y de los museos. El Palacio del Capitán alberga en la primera planta la sala del mismo nombre «del Capitán» (donde se pueden admirar los restos de frescos del siglo XIV) y una sección del Museo Etrusco-Romano, que alberga una copia del célebre Marte de Todi (el original se puede encontrar en los Museos del Vaticano). En el segundo piso se encuentra el Museo Pinacoteca.