La Iglesia de San Francisco es uno de los lugares franciscanos más importantes de Terni. En este lugar se erigió en el oratorio de S. Cassiano, que el obispo de Terni Rainerio donó a San Francisco para que lo acogiera durante sus pasos por la ciudad. La iglesia fue construida en la segunda mitad del siglo XIII y, en su forma original, constaba de una sola nave. Las dos naves laterales se añadieron en el siglo XV, cuando los franciscanos obtuvieron del municipio la posibilidad de utilizar material de construcción procedente de la demolición del Arco del Fondanello, una estructura cercana. La piedra «esponja«, con la que se construyó la mayor parte de la iglesia de San Francisco y las dos nuevas naves, es un tipo particular de travertino típico del territorio de Terni, muy adecuado para la construcción por su ligereza, resistencia y adaptabilidad. De hecho, es muy maleable en el momento de la extracción y se solidifica en contacto con el aire. Es precisamente esta razón y su apariencia, muy parecida a la de una esponja, la que dio origen a su nombre.
Basta con echar un vistazo a la fachada para comprender que las dos naves forman parte de una intervención consecutiva. Consta de tres bloques: un bloque central con pórtico gótico rematado por dos rosetones, y los dos bloques de espejos laterales con portales más pequeños dispuestos bajo elegantes ventanas ajimezadas. Por su fuerte similitud con las iglesias franciscanas de Asís, la tradición ha atribuido la autoría del proyecto a Filippo da Campello, el mismo arquitecto que siguió la obra de la Basílica de San Francisco y Santa Clara. En la misma época se construyó el campanario, al que se accede desde el interior de la iglesia a través de la Capilla del Cristo Muerto, junto al altar.
A lo largo de los años la iglesia sufrió varios daños y durante la Segunda Guerra Mundial un bombardeo golpeó el lugar, destruyendo irreparablemente una de las capillas de la iglesia, dedicada a San Bernardino. Muchas de las obras fueron tomadas de la iglesia porque se consideraban inseguras. Uno de ellos fue el retablo pintado para el altar mayor por Piermatteo D’Amelia, encargado al artista a finales del siglo XV. El pintor americano se había ganado la estima de los mecenas del centro de Italia después de haber pintado al fresco el gran cielo estrellado de la Capilla Sixtina, que Miguel Ángel, según se cuenta, lamentó mucho cubrir. Hoy la obra, llamada Retablo Franciscano, se exhibe en la Galería de Arte Cívico de la ciudad, instalada en el renovado CAOS – Centro de las Artes Opificio Siri.
Muchas de las decoraciones se encuentran todavía en el interior de la iglesia y por una de ellas ya vale la pena la visita. Es una obra de Bartolomeo di Tommaso que decora la capilla Paradisi, situada a la derecha del altar mayor. Impresionados por la apasionada y colorida predicación del franciscano S. Giacomo della Marca y quizás por la obra de Dante, algunos miembros de la familia Paradisi, que eran entonces municipios, quisieron honrar la memoria de uno de sus familiares encargando un evocador juicio universal. En la pared central de la capilla se encuentra el Paraíso, con el Redentor juez,rodeado de ángeles, santos y, un poco más abajo, los patronos. En el muro de la izquierda se representa el Purgatorio, con los penitentes dispuestos en diferentes cuevas y círculos y más arriba se representa la Bajada de Cristo al Limbo. En la pared derecha está el Infierno, con Lucifer dominando a los condenados, algunos de los cuales están en agujeros, otros en cuevas. Más arriba, los ángeles echan a los pecadores de las cuevas.