La visita a la Fortaleza Paolina, o mejor dicho, lo que queda de ella, da inmediatamente a cualquiera la percepción de la grandeza del edificio y la importancia que el mismo pudo haber tenido en sus tiempos y para su uso real.
De hecho, aún hoy se puede ver la majestuosidad del edificio, simplemente cruzándolo desde dentro gracias a un sistema de escaleras, incluso automáticas, construidas en los años 80.
La Fortaleza Paolina fue construida entre 1540 y 1543. La razón por la que el Papa Pablo III decidió construirla no fue la clásica de proteger la ciudad de las incursiones externas, sino la demostración de la fuerza y el poder de un Papa que quería imponerse a los señores, en este caso el de los Baglioni, que en los últimos años habían gestionado la ciudad con demasiada autonomía. Con la construcción de la Fortaleza Paolina se estaba dando una fuerte señal, es decir, que el poder papal sería defendido incluso por los propios ciudadanos si fuera necesario. Recientemente, de hecho, se ha desencadenado una revuelta popular contra el aumento de los impuestos (el famoso impuesto sobre la sal) por el estado papal, que parecía tener bastantes problemas para administrar el poder en la ciudad.
El proyecto de la fortaleza fue confiado a Antonio di Sangallo, quien realizó los primeros bocetos (conservados en la Galería Uffizi de Florencia) según los que la fortaleza se insertaba perfectamente en el contexto de la ciudad, sin alterar el equilibrio arquitectónico. Desafortunadamente, este proyecto no fue respetado por Pablo III, que decidió imponerse a Baglioni y quiso construir la estructura incluso por encima de sus posesiones, decidiendo también cavar un foso protector en todo el perímetro, una solución que era de gran tensión arquitectónica para la ciudad de la época.
La fortaleza se construyó tomando posesión de un punto estratégico de la ciudad, desde el cual se la podía controlar por completo. La forma dada a la construcción es bastante asimétrica, tanto para necesidades defensivas como estructurales, siendo similar a la forma de un escorpión. Partiendo de las dos murallas de las esquinas de la estructura, que dan a lo que hoy es Plaza de Italia, la fortaleza se desarrolló hacia el valle y se extendió hasta formar un largo pasillo hacia las llamadas «tenazas». Esta ampliación habría facilitado, en momentos de asedio, el abastecimiento de la estructura y la posible huida de los habitantes al campo.
Como se mencionó anteriormente, una vez terminada la construcción, se cavaron zanjas alrededor, para hacer la estructura aún más imponente y amenazante. Esto, junto con otros cambios deseados por Pablo III con respecto al proyecto original, ha tenido un impacto devastador en el tejido urbano circundante. Varios edificios e incluso pueblos enteros fueron arrasados para permitir la finalización de este trabajo (como el pueblo de Santa Giuliana). En total, fueron demolidas veintiséis torres, once iglesias, dos monasterios, parte de la antigua muralla etrusca y unas trescientas casas (la mayoría de las cuales, como se preveía, pertenecían a la familia Baglioni).
La Fortaleza Paolina nunca ha tenido, en los acontecimientos que siguieron, una razón real para su construcción, pero en diversas fuentes se informa de que fue incluida en diversos aspectos de la vida civil. En los años siguientes, hubo una alternancia de intentos de desacreditar y re acreditar la fortaleza. También hay un intento de reasignar su uso y de encontrarle una finalidad alternativa, pero en realidad nos estamos moviendo cada vez más hacia lo que será un cambio estructural: la demolición de parte del mismo y el relleno de los fosos. La demolición tuvo lugar en tres fases: en 1798 por los franceses, en 1848 y en la década de 1860 con la Unificación de Italia. Hay muchas razones diferentes para esto. En términos generales, se consideraba una estructura antigua, defensiva o de acceso a la ciudad. Posteriormente, los órganos rectores trataron de aumentar su reputación mediante la renovación de edificios y la creación de puestos de trabajo. Hoy en día sólo queda el espolón suroeste, los sótanos y los cuatro cañones de la Sala de la Cañonera.
Actualmente, los espacios de la Fortaleza Paolina se utilizan a menudo para exposiciones y espectáculos varios. En el corazón de la estructura también se han instalado algunas esculturas contemporáneas.