En la parte baja de Gubbio, en el lado sur de la Plaza de los Cuarenta Mártires, se encuentra la monumental Iglesia de San Francisco. El edificio fue construido en 1255, pero los trabajos de decoración duraron muchas décadas, hasta 1291.
La iglesia forma parte de un gran complejo que fue construido en los territorios de la familia Spadalonga, como uno de los exponentes de esa familia, Giacomello, se dice que conoció a Francesco durante el cautiverio en Perugia, llegando a ser amigos durante muchos años. La tradición cuenta que fue en esta casa donde el santo de Asís obtuvo refugio y protección a principios del siglo XIII tras abandonar la casa de su padre y que fue dentro de estas paredes donde se puso el hábito por primera vez.
Aún hoy, en las salas de la sacristía, se pueden ver algunos vestigios de los cimientos de la antigua mansión.
La Iglesia de San Francisco en Gubbio tiene hoy un aspecto monumental, de planta ojival con una fachada inacabada en la que se abre el gran portal gótico de entrada, rematado por un rosetón decorativo. Al final de la nave hay tres ábsides poligonales, iluminados por ventanas monóforas.
El interior del edificio es sorprendente y elegante. El espacio está dividido en tres naves, separadas por catorce pilares octogonales que sostienen las bóvedas de crucería, fruto de una restauración del siglo XVIII.
En cuanto a la decoración de las paredes, los frescos de los tres ábsides con escenas de la vida mariana pintadas por Ottaviano Nelli en el siglo XV y otros frescos de admirable valor artístico, fechados entre los siglos XIII y XIV, atribuidos a un pintor local anónimo, son ciertamente valiosos: Jesús entronizado con San Pedro, San Pablo, San Francisco y San Antonio en los laterales y algunos episodios de la vida de San Francisco. Además del edificio de culto, la zona alberga un complejo conventual que merece la pena visitar. Los devotos y visitantes podrán admirar el bello «Claustro de la Paz»; la «Sala Capitular», donde los frailes deliberaban sobre las reglas de la vida comunitaria; el «Refectorio», que ahora se utiliza como sala de conferencias; y el «Claustro Principal», actualmente no abierto al público y que sólo puede visitarse durante eventos o exposiciones de arte.