La iglesia de Santa Maria de la Victoria se encuentra Fuera de las murallas de la ciudad, rodeada de un parque natural creado a principios de los años noventa.
El edificio original fue construido probablemente en el siglo IX con motivo de una victoria de la ciudad contra los sarracenos, pero su fama estaba ligada a la historia de San Francisco. Según la tradición, contada por el XXI capítulo de las Florecillas, en este mismo lugar, allá por el 1220, San Francisco encontró y amansó al lobo que robaba el sueño a los habitantes de la ciudad.
En 1213 la pequeña iglesia fue concedida al fraile de Asís por el obispo de Gubbio Beato Villano y constituyó el primer asentamiento de los frailes franciscanos que permanecieron allí durante algunas décadas, hasta 1241. En esa fecha, cuando se trasladaron al nuevo convento de la ciudad de San Francisco, los frailes dejaron la iglesia a las monjas Clarisas, que a su vez dejaron el edificio en enfiteusis a la Compañía de Santa María de la Victoria en 1538. Con el paso del tiempo, el edificio fue sometido a diversas obras de restauración, entre las que destacan las realizadas por el Ayuntamiento y la Superintendencia. Sólo en 1948 fue devuelta definitivamente a la Orden Franciscana y a partir de 1957 fue reabierta oficialmente al público con una solemne ceremonia.
La pequeña iglesia tiene formas externas muy simples: está hecha de piedra caliza local con algunos insertos de terracota. Se accede a ella a través de un único portal de entrada en pietra serena, rematado por una ventanita. A la derecha, una segunda entrada más pequeña y una ventana, ahora amurallada, en la que aparecen dos losas: la primera presenta el símbolo de la Tau con la inscripción «Pax et Bonum 1226/1926«, y la segunda una inscripción sencilla que dice «Aquí Francesco calmó a la perniciosa loba«. Todavía en memoria del milagroso acontecimiento, hay dos monumentos de bronce cerca de la iglesia: un bajorrelieve realizado en 1973 por el escultor boloñés Farpi Vignoli y una estatua realizada en 2002 por el escultor Francesco Scalici.
En el interior el espacio consta de una sola nave con bóveda a lomo de asno totalmente decorada con frescos del siglo XVI. En el centro está el Padre Eterno con dos ángeles que sostienen el globo, y los otros treinta y cuatro paneles decorativos de singular belleza, obra del pintor Benedetto Nuccide Gubbio. Bajo la bóveda, las paredes están decoradas con escenas marianas también realizadas por el pintor local Giovanni Maria Baldassini.
De la estructura original del siglo XIII sólo se conservan el ábside y la pequeña ventana de una sola lanceta decorada con dos rosetas.
Inmediatamente a la derecha de la entrada hay también una capilla, cuyas paredes también están decoradas con frescos con ocho historias de San Francisco, que dan testimonio de la riqueza de la pintura y de los lugares figurativos de culto.
Todavía hoy en día la iglesia es un destino para los devotos y un lugar particularmente popular, tanto es así que desde 1988, en los alrededores del parque se encuentra el «Pesebre de la Victoria» para celebrar la Natividad y recordar al santo fraile inventor del pesebre.