Justo debajo de la Plaza del Ayuntamiento se encontraba una antigua casa propiedad de un asisiano, Giambattista Bini. Desde finales del siglo XIV, el lugar era un lugar de peregrinación porque algunos documentos atestiguaban que la propiedad había sido heredada por un sobrino de Francisco, Piccardo D’Angelo. Esta evidencia hizo creer que era la casa donde el hijo del rico comerciante textil Pietro di Bernardone pasó su infancia y recibió inspiración para sus futuras misiones sagradas. A Bini no parecía interesarle mucho la historia de ese importante lugar, por lo que a principios del siglo XVII la estructura se encontraba en un estado de abandono parcial. El entonces Ministro general de los Frailes Menores, el español Antonio de Trejo, reconoció su importancia, pero la Orden no vio en ese período el esplendor de los siglos pasados y no había dinero disponible para ningún tipo de intervención que devolviera la vida y la dignidad a la cuna de Francisco. El fraile, sin embargo, no se dio por vencido y comenzó una larga serie de correspondencia y llamados a la caridad de los bienhechores ricos y devotos. El culto a San Francisco estaba muy extendido en la época en el reino cristiano de España, pero Antonio de Trejo no podía ni siquiera imaginar que uno de los primeros hombres que respondieron a su llamada fuera nada menos que el propio Rey Felipe III. El 27 de noviembre de 1614 el Embajador de España de la Santa Sede envió directamente al Rey la petición del Ministro general de una limosna extraordinaria de 6.000 ducados para comprar la casa y transformarla en santuario. El rey, con su propio puño, firmó la petición acompañado de un elocuente: «Si así les parece«. La iglesia construida sobre la antigua casa de Giambattista Bini tomó el nombre de «San Francesco Converso», pero nadie la llamaba así. Desde el principio de su construcción, los asisianos la bautizaron como la «Nueva Iglesia» y así permaneció hasta nuestros días. El propio nombre nos hace reflexionar sobre el número de iglesias de la época medieval en la ciudad, tan elevado que la construcción de una iglesia en la primera mitad del siglo XVII fue un acontecimiento tan único y singular que el adjetivo «nuevo» fue suficiente para identificarlo.
La Iglesia Nueva está construida y decorada en estilo barroco y esto caracteriza su «novedad» en comparación con otras iglesias románicas y góticas de Asís. En el exterior, la fachada de ladrillo rosa, las pilastras decorativas y el portal de travertino blanco son testigos de esta diferencia. Otra diferencia con respecto a las iglesias anteriores de la ciudad es su planta – una cruz griega y no una cruz latina – y las suntuosas decoraciones doradas en el interior, casi todas en pintura, creadas por los artistas locales más importantes de la época como Cesare Sermei y Giacomo Giorgetti. A la entrada, en un rincón, algo reverbera el recuerdo de este lugar: una pequeña hornacina, cerrada por una reja de hierro forjado con una estatua de Francisco en oración en su interior, indica el lugar donde Pietro di Bernardone encerró a su hijo rebelde, culpable de haber vendido todas sus telas y de haber donado lo recaudado para la renovación del Santuario de San Damián.
Fuera del Santuario se puede acceder a lo que queda de los lugares donde Francisco vivió su infancia y donde la relación con su padre se rompió y se vio comprometida para siempre. Bajando unos escalones se llega a la planta baja de la antigua casa, la zona donde la familia trabajaba y vendía sus telas. Mirando hacia abajo se puede ver la antigua calle, perfectamente conservada, donde se encontraba la tienda y que luego fue incorporada por las estructuras de la Iglesia Nueva.
Adosada al convento de la Iglesia Nueva hay también una biblioteca que conserva objetos preciosos y raros sobre el franciscanismo: manuscritos iluminados, pergaminos, incunables, bulas y otros documentos antiguos. Un total de 16 mil volúmenes que garantizan un fascinante viaje en el tiempo.
En la continua búsqueda de los lugares que pertenecían a la pobre santa, en el siglo XIV Piccardo D’Angelo readaptó una habitación de la casa creando un pequeño oratorio y afirmando que era precisamente eso -como recuerda una inscripción del siglo XV sobre la entrada- «el establo de un buey y un burro en el que nació San Francisco, espejo del mundo». En realidad, la leyenda de Francisco cuenta que nació en un establo bajo el consejo dado a su madre devota por un mendigo misterioso. Aunque es una leyenda muy antigua, no tiene confirmación de fuentes historiográficas y no se menciona en las primeras biografías del Santo, como las de Tomás de Celano o Buenaventura de Bagnoregio. Pero esto no quita al Oratorio de San Francisco Piccolo ese aura mística y espiritual que años de peregrinación le han reservado, como sucede en todos los demás lugares de la ciudad afectados por la presencia, efectiva o reflejada, de uno de los personajes más revolucionarios de la historia.