La Fortaleza Mayor es el monumento de Asís más visible desde cualquier distancia y punto del valle. Domina la colina de Asís, rodeada de vegetación que por la noche crea una banda oscura en contraste con las luces de la ciudad, separándola del resto, haciéndola casi flotar en el cielo estrellado. Al acercarnos, su austera y severa grandeza nos recuerda que Asís, la ciudad de la paz y la espiritualidad, esconde un alma condenada en los pliegues de su memoria. El pasado de Asís se ha caracterizado por continuas guerras, levantamientos populares, hambrunas y plagas, y la fortaleza de hoy es el testimonio más directo y autorizado.
La primera información cierta se remonta al siglo XII, cuando el arzobispo de Maguncia utilizó ese lugar estratégicamente importante para construir la fortaleza que albergaría a Federico Barbarroja, consolidando el poder del emperador a pesar de la autonomía municipal que estaba emergiendo en aquel momento en el centro de Italia. La Fortaleza también acogió durante algún tiempo a Federico II de Suabia, el emperador más grande e ilustrado que el linaje germánico haya tenido jamás, aunque todavía niño confiado por su madre Constanza de Hauteville a la Duquesa de Urslingen, esposa del Duque de Spoleto y comes de Asís Corrado, un hombre de confianza del monarca suabo. Federico tenía sólo cuatro años cuando el Assisani, perseguido por el Papa Inocencio III, se levantó y liberó a la ciudad del dominio «extranjero».
Durante casi un siglo, la sangre y el recuerdo de esos acontecimientos tormentosos se incrustaron en las ruinas de la fortaleza, medio destruida y en desuso. El poder administrativo municipal se desplazó hacia abajo, en los espacios donde hoy se encuentra el Palacio del Capitán del Pueblo y la Torre Cívica, hasta que la sombra de una nueva amenaza reapareció en el horizonte. Esta vez el peligro vino del este, personificado por Federico da Montefeltro, Duque de Urbino, con sus aliados gibelinos, entre ellos un asisiano, Muzio Brancaleoni, a quien sus conciudadanos recordarán como uno de los líderes más astutos y despiadados de la historia de la ciudad. Muzio se unió a la alianza gibelina junto con los Montefeltro, los Visconti, señores de Milán, y los Scaligeri, señores de Verona, que querían Asís como bastión para oponerse a la güelfa y poderosa Perugia. Estamos en las primeras décadas del siglo XIV, la antigua rivalidad entre Asís y Perugia alcanza el nivel más alto de violencia. Para continuar su onerosa rivalidad con el pueblo perusino, Muzio se manchó de crímenes indecibles, como el vandalismo, las ejecuciones y -sobre todo- la venta del Tesoro de la Basílica de San Francisco, lo que le valió una excomunión y el odio imperecedero de sus conciudadanos.
Después de la rendición de Muzio al poder papal, la fortaleza y Asís en general fueron devastadas. Después de unas décadas de paz, justo el tiempo suficiente para reconstruir la ciudad, las tensiones entre los güelfos y los gibelinos comenzaron a crecer de nuevo y el Cardenal -caudillo español Egidio Albornoz, que como todos los eclesiásticos de esa época perseguían más guerra que paz, incluyó la fortaleza en su gigantesca obra de fortificación de los territorios papales. Junto a las fortalezas construidas desde cero, incluida la imponente Fortaleza Albornoziana de Spoleto, ordenó una serie de renovaciones y recuperación de las antiguas fortificaciones para la creación de un sistema defensivo que dominaba toda la llanura. Las murallas de Asís fueron fortificadas y no lejos de la fortaleza se construyó una segunda fortificación, la Fortaleza Menor o Rocchicciola, que se dice que está conectada con su hermana mayor por un largo túnel dentro de las murallas.
Gracias a las obras de fortificación, Asís se convirtió en un destino aún más estratégico y deseable para los mercenarios y comandantes de la época que luchaban por tal o cual facción. El sistema de defensa albornociano cedió un siglo más tarde bajo los golpes de Niccolò Piccinino, el carnicero de Perugia que se convirtió en uno de los más grandes hombres de fortuna de su tiempo, cuyas hazañas también serán elogiadas por Leonardo da Vinci. Gracias también a la ayuda de un fraile traidor, que le señaló un pasadizo secreto para cruzar las murallas del antiguo acueducto romano, en 1442 Piccinino asedió y prendió fuego a Asís, mientras tanto volvió a convertirse en gibelino bajo la protección del señor de Pesaro Alessandro Sforza. Las crónicas de la época cuentan que Niccolò, entre cuyas cualidades ciertamente no destacaba la clemencia y la misericordia, fue golpeado por la belleza de la ciudad hasta el punto que rechazó una rica oferta (¡15 mil florines!) de la ciudad de Perugia para arrasarla y poner fin a las hostilidades de una vez por todas. Las luchas y los asedios continuaron más o menos regularmente a lo largo del siglo siguiente, pero luego fueron perdiendo intensidad a medida que el poder papal se consolidaba como uno de los estados más poderosos de la península y que Asís perdía su posición estratégica en el territorio. El último remodelado de la fortaleza fue realizado por el Papa Pablo III Farnese en 1535, quien también fue prelado con una debilidad por la conquista. Sin fiarse de los alborotados ciudadanos de Umbría, Pablo III hizo reforzarlas torres defensivas y de fe y erigió la torre circular que aparece imponente en cuanto tomamos la empinada subida que serpentea desde Puerta Perlici: sólo un preludio a su mayor obra defensiva en Umbría: la Fortaleza Paolina.
En los siguientes tiempos la fortaleza perdió su función defensiva poco a poco. Fue primero la residencia de los castellanos encargados de controlar el territorio; más tarde se utilizó como prisión y luego como almacén.
Se puede visitar la Fortaleza Mayor de Asís por el interior. Aunque ahora está desnuda y hay muy pocos objetos en su interior, es posible percibir a través de las aspilleras, las mulas y los estrechos pasillos, todo el trabajo y el dolor que los hombres han experimentado en este lugar de guerra. La entrada se abre cerca del baluarte del siglo XVI, en su interior hay un patio pavimentado con ladrillos del siglo XIV, junto al encofrado, donde se disponían las dependencias de servicio. En el interior del alcázar, la torre más alta, que sirvió como residencia del señor del castillo, se superponen cinco habitaciones unidas por una escalera de caracol.