El complejo dedicado a Santa Ágata está situado en la calle homónima, cerca del área arqueológica de Spoleto, y consta de una pequeña iglesia, de la que sólo se conserva el pórtico, y del Convento construido en 1395 por monjas benedictinas que vivían en la Iglesia de San Pablo Inter Vineas. Al haberse convertido en un lugar inseguro, las monjas necesitaban trasladarse dentro de las murallas de la ciudad, ocupando las casas privadas de la familia Corvi, heredadas de una de las hermanas. En las paredes de la estructura, que data del siglo XI, todavía se pueden ver algunos bajorrelieves decorativos que representan pájaros, el símbolo de la familia. En el siglo XVI el complejo fue ampliado y parcialmente modificado. De esta época data el bello fresco, atribuido a un pintor anónimo de Spoleto, que se encuentra en la pared trasera del refectorio que representa La última cena y la oración de Cristo en el jardín de Getsemaní.
En 1686 el Convento fue expropiado por el recién nacido Estado Italiano y las monjas, obligadas a abandonar su sede, devastaron el complejo causando considerables daños a suelos y ventanas antes de trasladarse definitivamente al monasterio de Santa Lucía de Trevi, en 1965.
De 1870 a 1954 el Complejo de Santa Ágata albergó la cárcel de mujeres, mientras que en la actualidad alberga el Museo Arqueológico Nacional de Spoleto.
De la pequeña iglesia anexa al convento, que fue construida junto al teatro romano preexistente, sólo se conserva el pórtico de tres arcos con arcos apuntados sobre columnas del siglo XI.