La pequeña Iglesia de San Juan de las Aguas fue construida a mediados del siglo XIV y parece que debe su nombre a su proximidad al río Topino, según el testimonio del historiador Ludovico Iacobilli de Foligno. La estructura original estaba dividida en dos naves que se utilizaban para diferentes funciones: una siguió siendo utilizada como lugar de culto, la otra como sacristía, conservando las estructuras góticas originales.
En su interior destacan obras como una de San Juan Evangelista, realizada por Carlo Botti en 1884 y una estatua de madera de Santa Apolonia, atribuida a Antonio Calcioni.
En el exterior de la Iglesia de San Juan de las Aguas, en la pared que da a la Via delle Ceneri, se conserva un ábside con un fresco de un artista desconocido que data del siglo XV.