La Hermandad del Crucifijo, llamada así por el culto de la Cruz y de los Santos Pedro y Pablo a los que estaba dedicada, está presente en la ciudad de Foligno desde 1410, pero no se estableció formalmente hasta 1570. En este siglo, después de la Contrarreforma Católica, en muchas ciudades italianas se fundaron asociaciones de laicos, definidas precisamente como hermandades que, sostenidas por familias ricas nobles o de clase media alta, se dedicaban al cuidado de los más débiles: cuidado de los enfermos, entierros de los muertos, caridad para con los pobres y los extranjeros, y asistencia a las viudas y a las muchachas sin dote, entre otras obras de caridad llevadas a cabo.
A finales de 1500 los miembros de la Hermandad de Foligno obtuvieron de los dominicos la concesión de un jardín junto al convento de Plaza del Cáñamo (en italiano, Piazza della Canapa) (hoy Santo Domingo), donde se construyó el actual Oratorio del Crucifijo entre el Palacio Scafati Candiotti y la iglesia de Santo Domingo, hoy Auditorio de la ciudad de Foligno.
Las valiosas y ricas formas barrocas de la iglesia moderna son prueba de las frecuentes y enormes donaciones que la Hermandad ha realizado a lo largo del tiempo.
Las obras del edificio se pueden dividir en tres fases principales: de 1570 a 1642 se construyó el núcleo original, del que se conserva una parte del fresco que representa a San Pedro. Elena y el descubrimiento de la Cruz, fechado en 1626. A partir de 1643 se iniciaron las obras de ampliación del Oratorio con la construcción de la cubierta de madera pintada al temple, que representa al Cristo resucitado con Querubines y Serafines, obra de los artistas Francesco Costantini, Cristoforo Lacchi y Giovanni Battista Michelini. Finalmente, la tercera y última fase se remonta a principios de 1700, cuando el proyecto de decoración interior de la Iglesia se completó gracias a las obras dirigidas por Felice Tucci de Foligno.
El Oratorio del Crucifijo de Foligno sufrió graves daños, tanto desde el punto de vista estructural como de la decoración interior, tras el terremoto de 1997, y fue objeto de una impresionante restauración que se completó recientemente, en 2015, con la reapertura al público.