Situado a la izquierda de la Catedral, accesible por una escalera, el Palacio Episcopal de Todi fue mandado construir en 1593 por el obispo Angelo Cesi, en el mismo lugar en el que se encontraban las casas de los canónigos y fue concebido como una casa digna de un príncipe patrono renacentista.
El edificio estaba dividido en cuatro niveles: en la planta baja, a la altura del jardín llamado «Jardín del Obispo» y ahora abandonado, había cocinas, establos, bodegas y almacenes. La entrada central, atribuida a Vignola, conducía a la primera planta que albergaba la curia, la cancillería y el archivo. Desde este nivel una monumental escalera conducía a la planta principal que alojaba la Sala del Trono, pensada como lugar de representación y apoteosis de la autoridad episcopal donde se realizaban las audiencias. La sala, pintada al fresco por Ferraù de Faenza, contenía el retrato de todos los pastores que guiaron la iglesia tudertina desde San Terenziano hasta Angelo Cesi. En la misma planta principal se conservan la capilla privada y la Galería, pintada al fresco por el pintor Andrea Polinori con episodios de la historia de Todi. Desde aquí se podía acceder a los salones privados del obispo, hoy sede de la biblioteca diocesana. Finalmente, el cuarto y último piso del Palacio Episcopal de Todi estaba destinado exclusivamente a los sirvientes.