Der Komplex Sant’Agata befindet sich in der gleichnamigen Straße innerhalb des archäologischen Bereichs der Stadt und setzt sich aus einer kleinen Kirche, von der nur noch der Bogengang erhalten ist, und aus einem Kloster zusammen, das 1395 von den Benediktinerinnen errichtet wurde, die in der Kirche S. Paolo Inter Vineas lebten. Nachdem sie zu einem unsicheren Ort geworden war, mussten die Nonnen innerhalb der Stadtmauern umziehen und die Privathäuser der Familie Corvi, die sie von einer ihrer Mitschwestern geerbt hatten, bewohnen. An den Wänden des Gebäudes aus dem 11. Jahrhundert sind noch einige dekorative Flachreliefs erhalten, die Vögel – das Symbol der Familie – darstellen. Im 16. Jahrhundert wurde der Gebäudekomplex erweitert und teilweise verändert. Aus dieser Zeit stammt auch das schöne Fresko, das einem anonymen Maler aus Spoleto zugeschrieben wird und sich an der Rückwand des Refektoriums befindet. Es stellt das Letzte Abendmahl und das Gebet Christi im Garten von Gethsemani dar.
Im Jahr 1686 wurde das Kloster vom neu entstandenen italienischen Staat enteignet und die Ordensschwestern, die gezwungen wurden, ihre Heimat zu verlassen, verwüsteten den Komplex und verursachten große Schäden an Böden und Einbauten, bevor sie 1965 endgültig in das Kloster Santa Lucia di Trevi umzogen.
Von 1870 bis 1954 war Der Komplex Sant’Agata ein Frauengefängnis, während es heute das Museo Archeologico Nazionale von Spoleto beherbergt.
Von der kleinen, an das Kloster angebauten Kirche, die neben dem bereits existierenden römischen Theater errichtet wurde, ist nur der aus drei Bögen mit Spitzbögen auf Säulen aus dem 11. Jahrhundert bestehende Torbogen erhalten.