Die Bruderschaft Confraternita del Crocifisso, so genannt aufgrund des Kults des Kreuzes und der Heiligen Peter und Paul, denen sie gewidmet war, ist seit 1410 in der Stadt Foligno aktiv, wurde aber erst 1570 offiziell gegründet. In vielen italienischen Städten wurden nach der katholischen Gegenreformation in diesem Jahrhundert Laienvereine gegründet, die sich, unterstützt von reichen Adels- oder Großbürgerfamilien, der Fürsorge für die Schwächsten widmeten: Krankenpflege, Totenbestattung, Wohltätigkeit für die Armen und Frenden, Witwen- und Mädchenhilfe waren nur einige der durchgeführten Wohltätigkeitsarbeiten.
Ende 1500 erhielten die Mitglieder der Confraternita von den Dominikanern die Konzession für einen Garten neben dem Kloster Piazza della Canapa (heute S. Domenico), in dem das heutige Oratorio del Crocifisso zwischen dem Palazzo Scafati Candiotti und der Kirche San Domenico, heute Auditorium von Foligno, errichtet wurde.
Die wertvollen und reichen barocken Formen der modernen Kirche zeugen von den häufigen und umfangreichen Spenden, die die Bruderschaft im Laufe der Zeit erhalten haben musste.
Die Arbeiten an dem Gebäude lassen sich in drei Hauptphasen unterteilen: Von 1570 bis 1642 wurde der ursprüngliche Kern erbaut, von dem ein Teil des Freskos mit der Darstellung von S. Elena ed il rinvenimento della Croce aus dem Jahr 1626 erhalten ist. Ab 1643 begannen die Arbeiten zur Erweiterung des Oratoriums mit dem Bau des in Temperafarben bemalten Holzdachs, das den Auferstandenen Christus mit Cherubim und Seraphim darstellt, das Werk der Künstler Francesco Costantini, Cristoforo Lacchi und Giovanni Battista Michelini. Die dritte und letzte Phase schließlich geht auf Anfang 1700 zurück, als die Inneneinrichtung der Kirche dank der Arbeiten von Felice Tucci aus Foligno abgeschlossen wurde.
Das Oratorio del Crocifisso di Foligno wurde nach dem Erdbeben von 1997 sowohl baulich als auch betreffend die Dekoration im Innern stark beschädigt und war Gegenstand einer umfangreichen Restaurierung, die erst kürzlich, im Jahr 2015, mit der Wiedereröffnung endete.