Die Kirche San Fedele gehört zum Besitz der Villa Fidelia und ist von der Via Centrale Umbra aus zugänglich, wenige Schritte vom Eingang der Villa, oder über den zweiten Zugang, der sich neben dem Besucherzentrum befindet. Die Kirche befindet sich genau auf der Achse des westlichen Heiligtums, dem Heiligtum des Jupiter, sodass sie bereits seit langer Zeit als heiliger Bereich betrachtet wird, der mit dem von Konstantin in Auftrag gegebenen und nach 326 n. Chr. errichteten Tempel von Gens Flavia gleichgesetzt werden kann.
Laut Taddeo Donnola ereignete sich an diesem Ort das Martyrium von San Fedele, dem Heiligen, dem Kirche und Villa ihren Namen verdanken, während sich der Überlieferung zufolge der Leichnam von San Felice, dem Schutzheiligen von Spello und Giano dell’Umbria, hier befindet.
Als der Ingenieur Decio Costanzi die Villa Fidelia erwarb, wurde auch die Kirche vom Architekten Cesare Bazzani umgebaut: Das Gebäude wurde verkürzt und eine anmutige Fassade errichtet. Sie wurde am 11. Mai 1935 wieder für den Gottesdienst geöffnet.
Das Innere von San Fedele hat sich über den Lauf der Jahre verändert und ist heute kahl und schlecht erhalten. An der linken Wand befinden sich Anzeichen für die Ablösung eines Freskos, während an der gegenüberliegenden Wand ein Fresko aus dem 16. Jahrhundert von San Felice zu sehen ist.
Im Jahr 1911 wurde die Kirche, die damals Sante Ubaldi aus Foligno gehörte, zunächst restauriert und dann wieder für Gottesdienste zur Verfügung gestellt; aus den Chroniken geht außerdem hervor, dass dieses Ereignis mit einer großen Prozession gefeiert wurde, die unter dem Klang der Glocken von der Kirche San Lorenzo aus in San Fedele ankam.
Es war auch Brauch, dass die Mütter den Schutzpatron aufsuchten, um die Heilung ihrer kranken Kinder zu erbitten: Es gab tatsächlich zahlreiche Votivgaben, die Zeugnisse für die Heilungen sind.