Die kleine Kirche SS Giovanni e Paolo steht im Herzen der Stadt Spoleto, in der Gegend der alten Vaita Filittèria, dem byzantinischen Viertel aus dem Mittelalter. Das Gebäude wurde aus Steinquadern und wiederverwendetem Material aus der Römerzeit errichtet. Eine im Inneren erhaltene Inschrift datiert die Gründung auf das Jahr 1174, obwohl dank der jüngsten Ausgrabungen festgestellt werden konnte, dass die heutige Kirche auf einem ehemaligen religiösen Gebäude errichtet wurde, das sich in dem Raum befindet, der heute von der Krypta eingenommen wird.
Man gelangt durch ein sehr schmales Tor in die Kirche, das mit einer Lünette verziert ist. Die Außenfassade in sehr einfachen Formen ist im oberen Teil durch eine runde Rosette mit einem Kreuz auf der Innenseite und einem quadratischen Rahmen auf der Außenseite verziert. An der linken Außenwand befindet sich noch ein schönes Fresko, das die Madonna und vier Heilige darstellt, leider in schlechtem Zustand.
Der Innenraum setzt sich aus einem einzigen Schiff mit dem Presbyterium zusammen, das im sechzehnten Jahrhundert gebaut wurde und sich über der Krypta (die heute nicht mehr zugänglich ist) befindet. Außerdem beherbergt die Kriche in ihrem Inneren zahlreiche Fresken aus einer Zeit zwischen dem 12. und 16. Jahrhundert. Besonders hervorzuheben ist an der linken Wand das Martyrium des Thomas Becket aus Canterbury aus dem 13. Jahrhundert. Dieses außergewöhnliche Werk ist eine der sehr seltenen Darstellungen der Ermordung des englischen Bischofs und erinnert an seine Auseinandersetzung mit dem Kanzler des Königreichs England, Heinrich II. Die Episode kann auch in Bezug auf die Geschichte der Stadt interpretiert werden, indem sie mit dem Kampf zwischen Reich und Papsttum um die Eroberung des Herzogtums Spoleto in Verbindung gebracht wird. An der rechten Wand befindet sich ein weiteres wertvolles Fresko, das das Bankett des Herodes mit dem Tanz der Salome darstellt. Ein weiteres Meisterwerk, das das Martyrium der Heiligen Johannes und Paul darstellt, wurde 1961 von einer Wand in der Krypta abgenommen und befindet sich heute im Museo Nazionale del Ducato in der Villa Albornoziana.
Die jüngsten Fresken werden dem örtlichen Prälaten und Maler Pier Matteo Piergili zugeschrieben, der im 16. Jahrhundert in der Kirche arbeitete.