Costruita nel 1300, la Chiesa di San Francesco di Montone presenta delle forme semplici tipiche degli ordini mendicanti, con una sola navata, copertura a capriata ed un’abside poligonale. Il vero pregio dell’edificio è costituito dalla pregevolezza degli affreschi che in essa si sono conservati. Realizzati intorno al XV secolo, furono opera di diversi artisti i quali operarono in città su commissione della famiglia regnante dei Fortebracci.
Particolarmente significativi sono: gli affreschi con scene di Vita S. Francesco e del Giudizio Universale, realizzati da Antonio Alberti tra il 1423 e il 1424; e l’affresco raffigurante S. Antonio da Padova tra Giovanni Battista e L’Arcangelo Gabriele, realizzato da Bartolomeo Caporali nel 1491.
Secondo le fonti, già dal 1308, e poi in seguito a lavori di ampliamento del 1500, alla chiesa venne annesso il convento (oggi sede anch’esso del Museo Comunale).
Nel Settecento, in seguito ad un incendio e all’invasione napoleonica, la chiesa dovette subire numerosi danni per poi venire ristrutturata e recuperata nel XIX secolo quando, divenuta demaniale, entrò sotto il controllo nel nuovo Stato italiano.